Relevés de VÉGÉTATION DE L’UNIVERSITy of TORONTO

Stagiaire en sauvetage des données : Claire Voss
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À l’été 2024, j’ai participé au Projet Living Data en tant que stagiaire en sauvetage de données pour les relevés de la végétation de l’University of Toronto. L’objectif de ce stage de six semaines était de numériser et d’encoder des données forestières historiques de la seconde moitié du XXe siècle, issues des relevés de la végétation effectués par l’équipe du regretté professeur Paul Maycock. Actuellement conservées sur papier, ces données devaient être encodées pour leur utilisation future par la communauté scientifique. Pour ce faire, j’ai créé une base de données relationnelle Microsoft Access afin de représenter l’ensemble des données collectées, et de simplifier la saisie des données et le contrôle de leur qualité. De plus, Peter Rodriguez, doctorant au laboratoire Fortin de l’University of Toronto, et moi avons créé une application sur RShiny permettant de visualiser la répartition des sites, avec leur nom, leurs coordonnées et la date d’échantillonnage.

Figure 1 : Exemple de fiches de données historiques, dans ce cas de 1970. Notez les premiers signes de dégradation physique des fiches (jaunissement, etc.). Crédit photo : Claire Voss.

De 1956 à 1994, les membres du laboratoire Maycock ont ​​effectué des relevés de la végétation dans une grande partie de l’Ontario et du sud du Québec. Les données sur la végétation et des statistiques sommaires sur les arbres avaient déjà été encodées, mais une pléthore de données sur la fréquence et la présence des semis et des arbres n’avait pas encore été conservée, ce qui rendait mon travail d’archiviste pertinent. Les données de fréquence et de présence ont été recueillies au moyen de relevés au sol et portaient sur divers écosystèmes tels que les prairies, les savanes, les alvars, les tourbières minérotrophes et oligotrophes, les marécages et autres zones humides, les milieux aquatiques émergents, les forêts subarctiques et certaines zones de toundra côtière. Ces données constituent un riche historique de la couverture végétale régionale et constitueront une excellente base de référence pour des études comparatives sur les transitions anthropiques actuelles dans le paysage de l’Ontario et du Québec. Afin de rendre les données accessibles à un large éventail de scientifiques, l’approche la plus simple consistait à utiliser Microsoft Access pour encoder les données et les archiver dans le référentiel de données en ligne Borealis.

Figure 2 : Première version de l’application RShiny affichant l’emplacement de tous les sites d’étude, avec un code couleur par région : le vert correspond à la forêt décidue du sud, le rouge à la forêt de conifères du nord et le bleu à la forêt boréale. Veuillez noter que cette première version comporte probablement des erreurs. Crédit photo : Claire Voss.

À l’aide de Microsoft Access, j’ai créé une base de données relationnelle simple pour saisir et héberger toutes les données. Les principales données à encoder étaient les informations sur les sites et les notes de terrain (y compris les relevés de perturbations), ainsi que les données de présence et de fréquence des espèces. Les relevés ont été répartis en trois zones distinctes :

1. Boréale : forêts boréales s’étendant en Ontario et au Québec, plus au nord que les forêts de conifères du Nord.
2. Forêt décidue du Sud : forêts décidues du sud de l’Ontario.
3. Forêt de conifères du Nord : forêts de conifères de l’Ontario et du Québec.

 
Durant mon stage, j’ai pu créer la base de données relationnelle et implémenter le protocole sur l’ensemble de données boréales. Cette version initiale des données, ainsi que les données précédemment encodées et les métadonnées sous forme de fichiers .csv et .txt, seront téléchargées dans le dépôt de données en ligne Borealis et mises à jour au fur et à mesure de la saisie de chaque région. Ces données seront ensuite accessibles à tous ceux et celles qui souhaitent les utiliser dans leurs recherches.

Je tiens à remercier chaleureusement Marie-Josée Fortin, David Hunt, Bruno Soares et Peter Rodriguez, qui m’ont accompagnée tout au long du processus et m’ont apporté des conseils précieux lors de mon stage en sauvetage de données. J’ai énormément appris pendant ce stage et je suis très fière du travail que nous avons accompli pour préserver ces données importantes!