 Stagiaires en sauvetage des données : Ben Mumford et Lindsay Trottier Harvey Janszen (1946-2021) était un botaniste et naturaliste amateur bien-aimé qui a documenté de manière extensive ses découvertes dans le sud de la Colombie-Britannique (îles Gulf méridionales et péninsule de Saanich) et dans l’État de Washington (îles San Juan). De 1973 à 2017, il a ainsi rempli cinq carnets de terrain. Bien que certaines de ces données sont déjà accessibles sur le portail en libre accès GBIF, les simples données d’occurrence n’ont pas encore été extraites des carnets. La numérisation de ces données générerait ainsi des milliers de nouvelles occurrences de plantes vasculaires pour la région côtière sud de la Colombie-Britannique, et ce, pour une période antérieure à l’arrivée de iNaturalist. Andrew Simon, de l’Institute for Multidisciplinary Ecological Research in the Salish Sea (IMERSS), était un ami proche d’Harvey. Il entend conserver et préserver les précieuses données recueillies par son mentor tout au long de sa vie. À cet effet, il supervise : 1) la sauvegarde des données provenant des notes de terrain d’Harvey ; 2) la révision des données d’herbier qui ont été enregistrées ; et 3) le comité de conservation botanique œuvrant à achever la dernière entreprise de Harvey, soit de publier une liste de contrôle annotée des espèces de plantes vasculaires du sud des îles Gulf et de la péninsule de Saanich. Ce projet comporte donc de nombreux volets, dans lesquels s’insèrent deux cycles de stages du Projet Living Data (voir le résumé du premier stage effectué par Emma Menchions ici) et un marathon de codage organisé à l’University of British Columbia, pendant lequel des élèves de premier cycle universitaire ont travaillé à la numérisation d’une grande partie des notes de terrain d’Harvey Janszen.
Ben : Après avoir pris connaissance des scripts et des numérisations photographiques des carnets 7 et 8, je me suis détourné de l’occurrence pour me concentrer sur les données de collecte : les échantillons prélevés lors des excursions de Harvey, consignés et déposés au Royal BC Museum, à Victoria. J’ai consacré beaucoup de temps à éplucher les notes de terrain originales, à recouper les numéros d’identification des échantillons et les lieux de prélèvement. Comme pour les observations d’occurrence, les feuilles de calcul Excel, initialement compilées lors de marathons de codage de premier cycle, ont été nettoyées et standardisées à l’aide de scripts R fournis par Emma Menchions. Celles-ci ont ensuite été converties au format Darwin Coreet, quand le Royal BC Museum aura mis à disposition les informations complémentaires, elles seront également converties aux systèmes de formatage internes des collections. La numérisation de ces notes de terrain rendra une partie du travail de Harvey accessible au public et devrait contribuer à la production d’une flore de l’île Texada. Lindsay : L’objectif principal de mon stage était de compiler tous les relevés d’occurrences d’espèces observés par Harvey Janszen dans son huitième carnet de notes de terrain, couvrant la période 1996-2000. À l’aide du protocole de traitement des données développé par Emma, j’ai procédé à l’assurance qualité et au contrôle qualité des données sur près de 950 relevés d’occurrences d’espèces. Ce processus incluait la mise à jour des noms d’espèces conformément à la Flora of the Pacific Northwest, la géolocalisation correcte de toutes les occurrences d’espèces et la conversion du jeu de données final au format Darwin Core, une norme de documentation de la biodiversité. J’ai ensuite numérisé une liste préliminaire des espèces végétales de l’île Texada (Toward a Flora of Texada Island), réalisée par Terry Ludwar et John Dove en 2018. J’ai également compilé et comparé les données d’occurrence des espèces provenant du Consortium of Pacific Northwest Herbaria (pnwherbaria.org) et du Global Biodiversity Information Facility (GBIF, gbif.org). Rassembler ces différentes sources de données est une première étape importante pour identifier toutes les pièces du puzzle qui composent la flore de l’île Texada. Ce stage a été une expérience très enrichissante pour nous deux. Il nous a non seulement permis d’explorer et de découvrir la grande diversité végétale de l’île Texada, mais aussi d’affiner nos compétences en nettoyage et formatage des données. L’importance de la reproductibilité dans l’assurance qualité et le contrôle qualité des données et la valeur des carnets de terrain comme source de données ont également été mises en évidence par le stage. Nous tenons à remercier Andrew et le Projet Living Data pour l’organisation de cet important projet et pour nous avoir permis de perpétuer l’héritage d’Harvey Janszen. Comments are closed.
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