PROJET HÉRITAGE DE HARVEY JANSZEN

Stagiaire en sauvetage de données : 
​Emma Menchions
 
Contexte
Les notes de terrain des premiers botanistes constituent une source de données sur la biodiversité souvent sous-estimée. Elles fournissent des données de haute qualité qui précèdent la récolte importante de données spécifiques par les portails scientifiques communautaires tels que iNaturalist. Le principal défi consiste cependant à traduire ces données à partir de notes griffonnées (et parfois délavées) sur papier en données utilisables et nettoyées !

​Harvey Janszen (1946-2021) était un botaniste et naturaliste amateur bien-aimé qui a documenté de manière extensive ses découvertes dans le sud de la Colombie-Britannique (îles Gulf méridionales et péninsule de Saanich) et dans l’État de Washington (îles San Juan). De 1973 à 2017, il a ainsi rempli cinq carnets de terrain. Ceux-ci contiennent les métadonnées de 2 971 spécimens d’herbiers collectés, des listes des espèces observées, des relevés de surveillance des espèces en péril et des milliers de données d’observation. Les notes associées aux spécimens collectés sont déjà accessibles sur le portail en libre accès GBIF (avec différents degrés de précision) ces données ayant été soumises par les herbiers qui hébergent les spécimens conservés (soit, le Royal British Columbia Museum Herbarium, RBCM et l’UBC Herbarium). Cependant, les simples données d’occurrence n’ont pas encore été extraites des carnets. La numérisation de ces enregistrements générerait ainsi des milliers de nouvelles occurrences de plantes vasculaires pour la région côtière sud de la Colombie-Britannique, et ce, pour une période antérieure à l’arrivée de iNaturalist.
 
Andrew Simon de l’Institut de recherche écologique multidisciplinaire dans la mer des Salish (IMERSS) était un ami proche de Harvey, et un collègue qui a su profiter de ses connaissances. En collaboration avec l’ICEE et une communauté de botanistes de la région, il travaille à préserver les précieuses données collectées par Harvey au cours de sa vie. À cet effet, il supervise : 1) la sauvegarde des données provenant des notes de terrain d’Harvey ; 2) la révision des données d’herbier qui ont été enregistrées ; et 3) le comité de conservation botanique œuvrant à achever la dernière entreprise de Harvey, soit de publier une liste de contrôle annotée des espèces de plantes vasculaires pour le sud des îles Gulf et la péninsule de Saanich. 
 
Pour plus d’informations, veuillez consulter cette histoire illustrée (en anglais seulement).
 
Sauvetage de données
La stagiaire en sauvetage de données, Emma Menchions, de l’Université de la Colombie-Britannique, sous la supervision d’Andrew Simon, a été chargée de : 1) organiser les spécimens et les métadonnées d’environ 65 planches d’herbier de la collection de Harvey qui n’avaient pas encore été acquises, 2) mettre au point un protocole de numérisation et de traitement des données pour la numérisation des notes de terrain de Harvey, et 3) jeter les bases d’un protocole d’examen des métadonnées des spécimens pour les collections hébergées dans l’herbier RBCM. Dans le cadre de la tâche principale (tâche 2), elle a développé des protocoles de saisie de données et a utilisé R pour mettre au point une série de scripts reproductibles permettant d’examiner, de nettoyer et de convertir ces données dans un format standardisé (Darwin Core). Ces scripts ont également été conçus dans un souci de généralisation, afin qu’ils puissent être appliqués pour numériser les notes de terrain d’autres botanistes. Au cours du processus d’élaboration de ces protocoles, la stagiaire a également numérisé les 500 premières observations des carnets de terrain.
 
Ce premier stage a permis de mettre en place un cadre pour le sauvetage des données. Nous espérons qu’avec l’aide de futur.es stagiaires qui travailleront à numériser les carnets de terrain et à élaborer le protocole d’examen des données sur les spécimens dans les bases de données d’herbier, cela nous rapprochera de notre objectif de publier dans un format utilisable les précieuses données qui participent de l’héritage de Harvey Janszen.