LES OBSTACLES À LA SURVIE

Stagiaire en sauvetage de données : Ziqian Han

Durant l’hiver 2025, j’ai effectué un stage au sein du Projet Living Data, où j’ai archivé des ensembles de données sur le saumon pour le projet « Les obstacles à la survie » (Bottlenecks to Survival) de la Pacific Salmon Foundation. Ces ensembles de données contiennent des informations sur les saumons marqués par transpondeur passif intégré (PIT) et sur les détections de poissons marqués dans le bassin versant de la Cowichan, en Colombie-Britannique, au Canada. Ils servent à élaborer un cadre de suivi des goulots d’étranglement en matière de survie des saumons chinook, coho et arc-en-ciel sauvages et d’élevage, les stratégies visant à maximiser les stocks, afin de préserver la durabilité.

Mon objectif pendant ce stage était de développer des outils reproductibles pour l’archivage et la soumission de données à plusieurs référentiels en ligne tels que le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), l’Ocean Biodiversity Information System (OBIS), et l’Ocean Tracking Network (OTN). Pour ce faire, j’ai d’abord étudié leurs exigences en matière de données et de métadonnées. Pour OBIS et GBIF, j’ai converti les données au format Darwin Core-Archive (DwC-A) en créant une fiche de données de base pour chaque poisson marqué PIT et plusieurs fichiers d’extension contenant les informations pertinentes, telles que la longueur à la fourche. Comme la base de données contient des ensembles de données similaires pour d’autres bassins versants, j’ai également écrit un script R pour automatiser la standardisation des données vers DwC-A. J’ai ensuite transformé les ensembles de données à l’aide des modèles fournis par l’OTN pour leur soumission à l’OTN.
 
Pour les métadonnées, j’ai utilisé un outil en ligne pour les développer selon les normes EML. J’ai également utilisé ces mêmes informations pour remplir le modèle de métadonnées d’OTN. Afin d’automatiser la création de métadonnées selon les normes EML, j’ai appris et expérimenté le développement d’une extension EML pygeometa qui lit un fichier YAML contenant les métadonnées et génère un fichier XML de métadonnées selon les normes EML. J’ai réussi à effectuer une partie de ces tâches lors de mon stage et je souhaite poursuivre puisque le projet recoupe mes centres d’intérêt et participe à mon évolution professionnelle.
 
Durant ces six semaines, j’ai beaucoup appris et j’ai acquis de l’expérience en archivage de données, en normes de métadonnées et en environnement collaboratif. J’ai également réussi à m’adapter à différents styles de communication dans un nouveau domaine et à élargir mon réseau professionnel en écologie.

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